У 1981 році Головнафтохімпромом УРСР за рахунок коштів нафтохімічної промисловості України у м. Києві була збудована і обладнана клінічна лікарня для працівників, ветеранів та пенсіонерів нафтогазової, нафтохімічної та нафтопереробної промисловості.
Клінічна лікарня нафтопереробної промисловості України утворена як державний лікувально-профілактичний заклад з прямим підпорядкуванням Міністерству охорони здоров’я України.
На виконання наказу МОЗ України від 17.12.2013р. № 262-о, наказу МОЗ України від 23.12.2013р. № 271-о та наказу МОЗ України від 30.01.2014р. № 14-о про реорганізацію державних закладів МОЗ України шляхом приєднання, з трьох закладів: Державного закладу «Клінічна лікарня МОЗ України», ДЗ «Центр реабілітації кардіохірургічних хворих» МОЗ України, ДЗ «Спеціалізований (спеціальний) санаторій «Ірпінь» МОЗ України, створений Державний заклад «Всеукраїнський клінічний медико-реабілітаційний кардіохірургічний центр Міністерства охорони здоров’я України».
З 1997 року Заклад очолює головний лікар, кандидат медичних наук, Амалян Вільямс Арутюнович.
ДЗ «ВКМРКЦ МОЗ України» розрахований на 270 ліжок: в структурних підрозділах на вулиці Амосова 8 у Київі - 120 ліжок, в Ірпінському реабілітаційному підрозділі - 150, в тому числі :
- перше кардіологічне відділення – 40 ліжок
- друге кардіологічне відділення – 50 ліжок
- третє кардіологічне відділення – 50 ліжок
- четверте кардіологічне відділення – 60 ліжок
- п'яте кардіологічне відділення – 40 ліжок
- лікувально-консультативне відділення – 30 ліжок.
